分兩方面來說：
1. 你是不打算出國讀書去，或者不需要靠證照申請國外學校、獎學金的話，隨便你愛用 Lee還 是 Li 都可以，反正在國內，所證照都以中文為主，英文名字只是個擺飾，甚至沒有人會多看一眼證照上的英文名字長什麼樣子。
2. 你以後是要出國的，可能要靠在台灣拿過的畢業證書或 語言證照(多益或托福) ，這時侯，你就要讓這些證照上的英文姓名都完全相同，更重要的是，要和護照上的官方英文姓名一模一樣 ，才能獲得國外學校的採認，因為到了國外，護照上的英文姓名是你的官方身分。外國人也分不清 Lee / Li 的中文都是李，如果你一下姓Lee， 一下姓Li 是不可以的。
故，你得從Lee / Li 中選定一個，今後所有官方文件(證照／護照／證書) 都用同一個 ，免得日後有不必要的困擾。
2012-06-07 21:10:38 補充：
你真的確定畢業證書上有英文名字?
我的怎麼都沒有
大學英文版的畢業證書都是另 外付費申請的
主辦單位(應該是吧)會要求你自己填英文姓名(當然要和護照相同)
所以你先不必擔心
只是記得
今天起
你決定選用Lee為你的英譯姓氏，
以後就不要再改用Li
一切麻煩都可以避免了